Полноэкзомное секвенирование - поиск предположительно наследственного заболевания с интерпретацией (Whole Exome Sequencing)

Синонимы: Экзом; Экзомное секвенирование; Секвенирование полного экзома.

WES.

Краткое описание исследования «Полноэкзомное секвенирование – поиск предположительно наследственного заболевания с интерпретацией»

Экзом – это совокупность всех экзонов, то есть всех белок-кодирующих участков ДНК. Этот объем генетической информации составляет примерно 1,5-2% от всего генома. Остальная часть ДНК состоит из не кодирующих белок участков ДНК: интронов генов, а также областей, которые участвуют в регуляции экспрессии генов (процесс преобразования наследственной информации в конечный функциональный продукт – РНК/белок) и контролируют реализацию генетической информации в целом. Секвенирование экзома, то есть «прочтение всей кодирующей последовательности ДНК», является наиболее подходящим анализом для множества клинических ситуаций, поскольку более 85% известных патогенных вариантов ДНК (так называемых «мутаций»), вызывающих наследственные заболевания, обнаруживается именно в экзонах.

Секвенирование экзома особенно полезно, когда клиническая картина у пациента характерна для ряда клинически гетерогенных заболеваний, причина которых может быть найдена в одном из большого количества генов. К тому же секвенирование экзома следует рассматривать, когда патологическое состояние демонстрирует высокую наследуемость в семье или есть иные основания подозревать его генетическую этиологию, но количество потенциальных генов-кандидатов велико.

Ограничения

Ввиду некоторых технических ограничений, секвенирование экзома не может покрыть 100% целевых участков. Мы обеспечиваем необходимое для достоверного обнаружения гетерозиготных вариантов покрытие: не менее 10х для 90% целевых участков. Частота ошибочно обнаруженных вариантов при секвенировании экзома в среднем составляет не больше 1%, но в отдельных участках может достигать 5%, поэтому релевантные варианты рекомендуется подтверждать независимым секвенированием по Сэнгеру или другими референсными методами, если такая возможность существует.

Выявление некоторых типов вариантов методом экзомного секвенирования затруднено или даже невозможно, к таким вариантам относятся структурные изменения хромосом (инверсии, транслокации, делеции, амплификации), полиплоидии, анэуплоидии, варианты, ассоциированные с протяженными участками триплетных и других повторов, варианты в генах с наличием в геноме близкого по последовательности псевдогена или паралога, варианты в GC-богатых участках, варианты в интронах за пределами канонических сайтов сплайсинга, а также эпигенетические варианты. Метод имеет ограниченную чувствительность в отношении вариантов в состоянии мозаицизма.

Результаты клинического секвенирования всегда интерпретируются в контексте клинической картины заболевания конкретного пациента, его семейной истории и результатов проведенных исследований (лабораторных, инструментальных и др.). Изучаются только варианты, которые потенциально могут иметь отношение к заболеванию пациента. Результаты секвенирования экзома могут быть интерпретированы неверно, если предоставленная информация ошибочна или неполна; в частности, в заключение могут не попасть варианты, ассоциированные с заболеваниями, признанными в ходе интерпретации не имеющими отношения к описанию клинической картины пациента. Предоставление большего количества клинически значимой информации может помочь более точной оценке значимости выявленных вариантов.

Выявленные варианты не всегда объясняют все клинические проявления у пациента. Возможны случаи, когда в заключении по результатам секвенирования отсутствуют клинически значимые генетические варианты (т. е. заключение «пустое»). Это не означает, что исследование выполнено некачественно или не в полном объеме, и не говорит о том, что наследственная природа заболевания исключена. Невыявление молекулярной причины заболевания по результатам секвенирования может быть связано либо с недостаточной изученностью генетических вариантов, генов и/или их связей с моногенными наследственными заболеваниями на данной стадии развития науки, либо с ограничениями методики исследования, либо с немоногенной природой заболевания пациента. Проведение повторного биоинформатического анализа и клинической интерпретации данных секвенирования спустя некоторое время (год или несколько лет) может привести к включению в заключение генетических вариантов, не сообщенных ранее, в связи с появлением новой информации в научных публикациях и базах данных.

Важно отметить, что некоторые медицинские процедуры, такие как пересадка костного мозга или переливание крови, могут привести к неверным результатам. Рекомендуется сообщать о наличии в анамнезе таких процедур.

С какой целью выполняют Полноэкзомное секвенирование

Исследование проводят при подозрении на наследственное заболевание.

Правила подготовки к исследованию

В день сдачи биоматериала не рекомендуется употреблять пищу с высоким содержанием жиров.

Внимание! Обязательно предоставление копий медицинских документов (см. инструкцию).

Интерпретация результатов исследований содержит информацию для лечащего врача и не является диагнозом. Информацию из этого раздела нельзя использовать для самодиагностики и самолечения. Точный диагноз ставит врач, используя как результаты данного обследования, так и нужную информацию из других источников: анамнеза, результатов других обследований и т.д.

Трактовка результатов исследования «Полноэкзомное секвенирование – поиск предположительно наследственного заболевания с интерпретацией»

Выдается заключение по результатам биоинформатического анализа данных секвенирования ДНК (полное секвенирование экзома).

Заключение содержит информацию для лечащего врача и не является диагнозом. Полученную информацию нельзя использовать для самодиагностики и самолечения. Точный диагноз ставит врач, используя как результаты данного обследования, так и нужную информацию из других источников: анамнеза, результатов других обследований и т. д.